尼博爾山森林（Nibel）的一場暴風雨將精靈奧里（Ori）自精靈之樹（Spirit Tree）上吹落。一隻形似黑熊的生物納魯（Naru）收養了奧里[11]。不久之後，一場災難使森林枯萎腐壞，納魯因食物短缺而死去。失去親人的奧里被迫隻身探索已面目全非的森林[9][11][12]。在瀕死之際，奧里被精靈之樹救活，其後在森林一角發現了發光生物賽安（Sein）[10]。作為精靈之樹雙目與光芒的賽安表示精靈之樹失去維持森林的三種元素的力量，森林因此失去生機。賽安扮演指導與攻擊的角色，引導奧里恢復三種元素：銀之樹（Ginso Tree）的水之元素（Waters）、古門族（Gumon）居所荒蕪廢墟（Forlorn Ruins）內的風之元素（Winds）、以及火山掘之山（Mount Horu）內的暖之元素（Warmth）。

奧里與賽安在恢復水之元素和風之元素時遇上兩個生物：偷走了銀之樹鑰匙的古門族成員古莫（Gumo），以及數次阻撓奧里行動的雌性貓頭鷹黑子（Kuro）。奧里救出被困陷阱的古莫後，古莫交還銀之樹鑰匙，奧里進入銀之樹恢復了水之元素。在荒蕪廢墟內，奧里與賽安發現所有古門族人因風之元素能量中止而被冰封殞命，古莫為古門族的唯一倖存者。為挽救森林與緬懷古門族，奧里利用古門族的光明容器進入廢墟深處恢復風之元素，亦在發現黑子巢穴的鳥蛋後明瞭黑子敵意的由來：精靈之樹在奧里失蹤後發出強烈的精靈之光召喚奧里，導致黑子除該鳥蛋外所有幼鳥被強光波及喪命，黑子因喪子之痛仇視精靈之樹所放出的光芒，為保護唯一存活且尚在蛋裡未孵化的孩子，憤而奪去作為精靈之樹核心的賽安，造成森林失去生機。古莫受奧里和賽安的行動激勵後決定取走光明容器，以容器中的精靈之光使納魯復活並把她帶往掘之山。

在暖之元素恢復後，掘之山造成的森林大火並未停歇，奧里與賽安前往精靈之樹時遭到黑子襲擊。納魯不顧危險擋在黑子面前保護奧里，使黑子從復仇的憤怒中醒悟自己正把喪子之痛施加到另一母親身上。為了拯救即將被大火吞噬的僅存的鳥蛋，黑子把賽安帶返精靈之樹，精靈樹放出一道強光使大火熄滅，黑子亦在強光下一同殞滅。尼博爾山森林在大雨與精靈樹的庇蔭下恢復了生機，古莫與奧里和納魯成為了家人，黑子的鳥蛋被帶回眾人家中，在納魯前往察看時孵化。